Años más tarde, un joven Charles Darwin se embarcó en una expedición científica de cinco años a bordo del HMS Beagle. Durante este viaje, Darwin recolectó fósiles, observó aves en las Islas Galápagos y analizó cómo las especies variaban geográficamente. A diferencia de Lamarck, Darwin no veía un impulso interno hacia la perfección, sino un proceso de "descendencia con modificación".
Tras años de reflexión y de leer sobre cómo las poblaciones crecen más rápido que sus recursos, Darwin formuló la teoría de la Selección Natural. Los puntos clave de su propuesta fueron:
Variabilidad: En cualquier población, los individuos nacen con diferencias naturales (unos son más rápidos, otros tienen colores más discretos, etc.).
Supervivencia del más apto: No todos los individuos sobreviven para reproducirse. Aquellos con rasgos que les dan una ventaja en su ambiente tienen más probabilidades de sobrevivir.
Reproducción diferencial: Los sobrevivientes pasan sus rasgos ventajosos a la siguiente generación. Con el tiempo, estos rasgos se vuelven comunes en la población, lo que lleva a la adaptación y, eventualmente, a la formación de nuevas especies.